เชื้อไวรัสเมอร์สก่อให้เกิดอาการของโรคติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจที่รุนแรง ซึ่งประกอบด้วยอาการไอ มีไข้และหายใจลำบาก ในผู้ป่วยบางรายการติดเชื้ออาจไม่มีอาการแสดงใดๆ หรือบางรายอาจมีอาการเพียงเล็กน้อยเหมือนป่วยเป็นโรคหวัดและจะหายได้เป็นปกติ แต่ในผู้ป่วยบางรายอาการป่วยอาจมีอาการในระบบทางเดินอาหารร่วมด้วยเช่น ท้องเสีย มวนท้อง คลื่นไส้อาเจียน เป็นต้น ในผู้ป่วยที่มีอาการแสดงของโรครุนแรงอาจเกิดภาวะปอดบวมหรือไตวายได้ ผู้ป่วยที่มีภูมิคุ้มกันอ่อนแอจะมีอัตราเสี่ยงในการติดเชื้อไวรัสเมอร์ส ได้สูงกว่าคนทั่วไป และจะมีแนวโน้มที่จะมีอาการของโรครุนแรง สิ่งที่น่าเป็นกังวลเกี่ยวกับการติดเชื้อไวรัสเมอร์ส คือผู้ป่วยประมาณร้อยละ 30 จะเสียชีวิต โดยผู้ป่วยเหล่านี้มักจะมีสภาวะอื่นร่วมอยู่ด้วย เช่น เป็นโรคเบาหวาน โรคมะเร็ง หรือมีโรคเรื้อรังที่เกี่ยวข้องกับหัวใจ ปอด หรือไต เป็นต้น