แหล่งที่มาของโรคยังไม่สามารถระบุได้ชัดเจน พบเชื้อไวรัสเมอร์สที่พบตรงกับในคนซึ่งเป็นสายพันธุ์ที่แยกออกมาจากอูฐที่พบในอียิปต์ โอมาน การ์ตาร์ และซาอุดีอาระเบีย และจากการยังศึกษาอื่นๆ พบแอนติบอดีเชื้อไวรัสเมอร์สในอูฐโหนกเดียว แถบแอฟริกาและตะวันออกกลางซึ่งหมายความว่าอูฐเหล่านั้นอาจเคยติดเชื้อไวรัสชนิดนี้หรือสายพันธุ์ที่ใกล้เคียงมาก่อน จากการศึกษาข้อมูลทางพันธุกรรมในคนและอูฐ ทำให้เห็นความสัมพันธ์ระหว่างเชื้อไวรัสเมอร์สในอูฐและคน และนอกจากนี้แล้วในประเทศซาอุดิอาระเบีย ยังตรวจพบเชื้อไวรัสเมอร์สในค้างคาวอีกด้วย